深圳电子营业执照的申请流程如下：
1、准备申请材料：需要准备公司名称、公司类型、经营场所、注册资本、公司章程、投资者身份证明等相关材料。
2、注册企业用户：在办理电子营业执照时，企业可以通过手机注册或是数字证书用户注册，按照页面提示填入经办人基础信息后即可完成注册。
3、提交申请和电子签名：企业需要前往所属地工商注册去办理登记全程网上办理系统，下载安装形影的数字证书发放机构驱动，然后插入数字证书后打开证书客户端，在电子签名申请表上点击签名，选择所需对应证书即可。
4、网上申请：申请人登录广东政府服务网在线填写业务表格，提交电子材料，提交行政许可申请，登记机关对网上填写的申请文件和材料进行初步审查。
5、受理：登记机关对行政相对人进行信用信息查询并实施联合奖惩。申请书、材料齐全且符合法定形式的，登记机关通过初审，通知申请人到窗口或通过邮递提交纸质文件，并予以受理，并出具《受理通知书》；申请书、材料不齐全或不符合法定形式的，登记机关在3天内通过广东政务服务网一次通知申请人需要补正的全部内容，不符合受理条件的，应当说明不受理的理由，并出具《不受理通知书》。
6、审查：登记机关自受理材料之日起3个工作日内作出审查决定。
7、决定：批准的，发出《批准设立登记通知书》，通知申请人自决定之日起10日内领取营业执照或其他登记证明。
需要注意的是，法定代表人是电子营业执照的默认领取人。手机版电子营业执照的首次领取只能由法定代表人通过手机等移动终端完成。具体操作步骤可以查询深圳市市场监督管理局官网或咨询相关服务窗口。
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