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1、投资主体不同：个人独资企业的投资主体只能是自然人，且为中国公民；而有限责任公司的投资主体可以是自然人，也可以是法人。
2、法律形式不同：个人独资企业不具有法人资格，而有限责任公司是具有法人资格的。
3、设立条件不同：个人独资企业对出资没有强制要求，而有限责任公司要求不能低于注册成本30%的出资额。
4、财务核算不同：个人独资企业无需经过会计事务所审计，只需依法设置会计账簿来进行财务核算；而有限责任公司在每年年终需要编制财务会计报告，并交给会计事务所进行审计。
5、承担责任不同：个人独资企业是投资者以其的个人资产对企业债务承担无限责任，而有限责任公司是以股东认缴的出资额来为公司债务承担有限责任。
6、税种缴纳不同：个人独资企业是无需缴纳企业所得税的，只需缴纳个人所得税；而有限责任公司还需缴纳企业所得税。
7、投资者风险不同：个人独资企业对企业所负的债务承担无限责任，而有限公司的投资仅以其出资额为限承担有限责任。
1、成立的条件不同：个人独资企业必须具有合法的企业名称、固定的生产经营场所和必要的生产经营条件及从业人员等；而个体工商户完全由经营者自行决定，法律、法规无特别要求。
2、设立者的要求不同：个体工商户是从事工商业经营的自然人或家庭，自然人或以个人为单位，或以家庭为单位从事工商业经营，均为个体工商户；而个人独资企业的出资人是一个自然人，该自然人应当具有完全民事行为能力，并且不能是法律、行政法规禁止从事营利性活动的人。
3、承担责任的财产范围不同：个人独资企业的出资人在一般情况下仅以其个人财产对企业债务承担无限责任，只是在企业设立登记时明确以家庭共有财产作为个人出资的才依法以家庭共有财产对企业债务承担无限责任；而根据民法通则第29条的规定，个体工商户的债务如属个人经营的，以个人财产承担，家庭经营的，则以家庭财产承担。
4、适用的法律不同：个人独资企业依照《个人独资企业法》设立，个体工商户依照《民法通则》、《城乡个体工商户管理暂行条例》的规定设立。
5、设立分支机构的政策要求不同：个人独资企业可以设立分支机构；个体工商户根据规定是不可以设立分支机构的。
6、财务制度和税收政策不同：个人独资企业必须建立财务制度，进行会计核算；而个体工商户在是否建立会计制度上存在许多争议，如税务部门不作硬性要求，也可以不进行会计核算。
7、法律地位不同：个人独资企业是经营实体，是一种企业组织形态，个体工商户则不采用企业形式。区分二者的关键在于是否进行了独资企业登记，并领取独资企业营业执照。
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