深圳代理记账的过程主要包括以下几个步骤：
签署代理记账委托协议：企业与代理记账公司首先需要签署一份代理记账委托协议，明确双方的权益和义务，并对服务项目、服务时间、服务费用等事项作出规定。
接收原始凭证：代理记账公司会定期（通常每月1-10日）接收企业的原始凭证，包括各类发票、收据等财务资料。
填制记账凭证：代理记账公司根据接收到的原始凭证，填制记账凭证，登记会计账簿。
编制财务报表：根据登记的会计账簿，代理记账公司会编制财务报表，包括资产负债表、利润表等。
纳税申报：代理记账公司会根据企业的财务报表和相关资料，填制纳税申报表，并进行网上电子申报。
结账与会计结算：每月底，代理记账公司会进行结账工作，确保会计账簿的准确无误。
办理增值税一般纳税人申请和转正手续：如果企业需要，代理记账公司还可以协助办理增值税一般纳税人的申请和转正手续。
办理工商营业执照、组织机构代码证年审业务：代理记账公司还可以为企业办理工商营业执照、组织机构代码证的年审业务。
整理旧账、税务疑难问题处理：如有需要，代理记账公司还可以为企业整理旧账，处理税务疑难问题。
以上就是深圳代理记账的主要过程。不同的代理记账公司可能会有稍微不同的操作流程，具体情况需要根据与代理公司的约定进行。
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